基因芯片技术服务 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq) |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR(MazF酶切法)技术服务 |
基因芯片技术服务 DNA甲基化芯片 DNA羟甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS测序技术服务 DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
蛋白相对定量 TMT标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 TMT标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
北京大学附属第三医院敖英芳教授主要从事膝关节损伤治疗、关节镜下微创治疗。近期其实验室用LEHU乐虎RNA芯片研究发现了一种能调控关节炎的新CircRNA分子CircRNA-CER。CircRNA-CER可以被IL-1和TNFa诱导表达上调,进一步下游分子筛选实验表明,CircRNA-CER可以顺利获得内源性竞争miR-136来调控MMP13的表达,并参与到软骨细胞ECM损伤的过程当中。CircRNA-CER可能是OA治疗中的一个很有潜力的靶点。该研究成果刊登在国际顶级期刊Nature子刊Scientific Reports(影响因子5.228)上。(芯片实验由LEHU乐虎给予技术服务)
研究背景
骨关节炎(OA)是一种由于软骨降解,骨质增厚,骨刺形成而引起的退行性关节病。在OA中软骨细胞的死亡将会导致软骨胞质的降低,软骨细胞是顺利获得细胞因子和生长因子刺激进行代谢和异常的分化,最终将会导致ECM降解。CircRNA是一类广泛存在于细胞质中的非编码RNA。这类内源性的RNA具有稳定的结构和很高的组织特异性表达。许多研究证明CircRNA可以与骨关节炎相关基因相互作用,在多种骨关节炎的开展进程中起到重要作用。敖英芳教授课题组本次研究的目的在于揭示CircRNA在骨关节炎中的作用,探讨ECM相关的CricRNA在软骨中的功能。
研究思路
为了研究CircRNA在骨关节炎中的作用,探讨ECM相关的CircRNA在软骨中的功能。本次研究应用美国Arraystar Human CircRNA芯片和表达谱芯片筛选骨关节炎软骨和正常软骨中差异表达的CircRNA。发现71个circRNA在骨关节炎和正常软骨中差异表达,其中16个CircRNA表达上调,55个CircRNA表达下调。用qRT-PCR验证芯片结果。生物信息学用来预测circRNA和mRNA在软骨中相互作用。其中发现circRNA-CER在网络中起到重要作用。CircRNA-CER的Loss of function和Rescue实验在体外进行。应用siRNA沉默CircRNA-CER将会抑制MMP13的表达并且增强ECM的表达。我们推测CircRNA-CER在OA治疗过程中作为潜在的靶点。
技术路线
结果展示
图注:A、骨关节炎和正常软骨的CircRNA层次聚类分析图,B、用qPCR验证CircRNA-CER在骨关节炎中表达升高,与芯片实验结果相符。C、CircRNA-miRNA-mRNA的网络调控图。D和E证实CircRNA-CER顺利获得竞争性结合miR-136调控MMP13的表达,在软骨细胞的ECM降解过程中起到重要作用。
研究意义
本研究用Arraystar Human CircRNA芯片对骨关节炎中CircRNA的功能研究。该研究揭示了CircRNA在骨关节炎的基因表达调控中起到重要的的作用。CircRNA-CER作为miRNA sponge竞争性结合miR136,从而上调MMP-13的表达。揭示CircRNA在OA中的功能的精确分子机制将为我们研究OA的病理形成和探索新的治疗靶点。
原文出处
Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Sci Rep. 2016.